毛人凤这种拼命工作的精神吓得姜绍谟胆颤，他急忙找戴笠，以自己身体不行，推卸了接替毛人凤之任。戴听从了姜的意见，改派姜为渝特区少将区长兼军统局设计委员会主任委员。

　　后来，戴笠因兼职过多，对军统局工作不能完全过问了，毛人凤便整日埋头于军统局，事必亲躬，这样，他对军统局的工作了如指掌。蒋介石多次问他军统工作，他都对答如流，这使蒋对他有极好的印象。军统局的特务们，凡是经他手的报告，都一一落到实处，特务们也都乐于找他。抗战间，毛人凤在军统局局本部的一间一丈五尺见方的小楼房内，整天坐在那里，批阅处理上传下达文件，常常通宵不眠，而且每个科员都可随时找他解决问题，他总是认真地处理。

　　毛人凤极能忍耐。他有三句话，叫做：“认真不得，生气不得，马虎不得。”意思是处理各种问题，既不能认真又不能马虎，也不能生气，要能忍耐。

　　抗战间，军统局局本部在重庆掌握的公开单位很多，局本部各主管部门的负责人常常借口视察工作，乘机找油水，要下级部门“进贡”。而毛从来不去，许多机关的领导常常请他去视察，他总以自己不是负责人而推掉。实在推不掉的场合，他也只作一般性的业务报告，不以领导者自居。每当戴笠出门间，军统在每星期一上午举行的总理纪念周活动时，毛总是请郑介民或唐纵来主持，自己从不出面主持。这样一来，不仅郑介民、唐纵，连戴笠都认为毛人凤是个没有野心的人。

　　蒋介石对毛人凤的看法也同戴笠等一样，认为毛是个守成有余、老练持重的内勤人才。毛人凤虽多次因工作见蒋，均没向蒋提过自己对工作的意见。在戴笠死后，蒋要郑介民主持军统工作，还嘱毛人凤好好帮助郑介民。毛人凤便以不露声色的忍耐精神，将其野心深深埋在心内，以待时机的到来。

　　毛人凤经过笑、勤、忍之后，终于击败了郑介民、唐纵等竞争对手，掌握了军统局大权，于是，他那副菩萨相立即丢掉。

　　毛首先搞垮郑介民。郑一向假惺惺地冒充自己廉洁，他自己不出面搞钱，却让老婆出面去搞。北平办事处主任马汉三，在接收日伪财产和纵放日本战犯中中饱私囊，并将贪污之钱送给了郑介民老婆不少。马和毛亦是老朋友，但毛为搞垮郑介民，不惜牺牲与马之友情，将马以贪污罪名，上报于蒋介石处死。郑介民只有饮恨于心，亦无可奈何。

　　毛人凤的族侄毛森，亦是军统特务，由于其手段黑和狠，被人谓之“毛骨森森”，由于这些关系，毛森深为毛人凤所赏识。在全国解放前夕，毛森与美国特务系统勾结起来，不听毛人凤指挥了，毛人凤指使人欲杀掉毛森，终因大陆解放而未能下手。

对于共产党员、民主人士，毛一贯的主张是斩草除根。连小孩都杀掉。对于触犯他利益的，他决不轻饶。军统局在贵阳办了一张报纸，有次点了何应钦的名，说何是黔省第一大财主。何知道了大怒，电话质问毛人凤，毛为讨好何，立即下令此报停刊，并将贵州站站长兼保安司令部情报处处长周养浩免职，特务们都认为如此对周的处理过重，毛对特务们说：“以后决不准有此类事发生，不能因此类事给我找麻烦，连蒋委员长都看得惯的事，我们何必去得罪人？这对我们有什么好处？”

　　毛人凤对待叛徒的狠毒手段，要胜过戴笠一筹。其最毒一手是在全国解放前夕保密局逃往台湾时，叛徒们都急着要走，而毛人凤将他们全部丢下，甚至连保密局特种政治问题研究工作组的组长瞿梦秋都丢下。叛徒们为求得一走，哭着给他跪下，毛也不允。保密局第二处副处长黄××，抗战时随张国焘一起工作，任过延安情报站站长，解放前夕拖家带口到成都找到毛人凤，哭着要求毛带走他，毛坚决不答应，坚持其留下。毛认为，共产党的这些叛徒留给共产党，很可能被杀掉，这样会给共产党带来许多麻烦，且舆论对共产党也不好。